传统的农家肥就是由粪便和秸秆沤肥发酵而成。但是由于发酵周期较长，常常需要几个月的时间去堆积，且肥料较化肥来说速度缓慢。所以造成了化肥施用过量，导致土壤板结和盐渍化。但有机肥料（也就是完全腐熟的农家肥）却可以很好的改善土壤结构，增加土壤有机质，所以有机肥的肥效利用以及发酵生产周期一直是个问题。
现在随着科技的发展，一些可以促进发酵进程的菌种被研发出来，还能达到除臭的效果。一些卖发酵菌种的厂家，都会告诉我们，他的菌种腐熟迅速，然而实际上都有些过于夸张。有机肥设备生产厂家告诉我们，发酵主要分为两个阶段：
1.高温阶段：
添加菌种，除臭、打破菌细胞，杀灭粪便以及秸秆中的病原菌、虫卵以及杂草种子等等；增加发酵的起始温度，在48小时内即可升温至55℃以上；臭味逐渐消失，病虫草害种子等纷纷死去，几天后产生白色菌丝并布满表面。
需注意的是：
整个发酵属于好氧发酵，然而堆肥发酵主要是以堆肥升温为主，所以堆体内的氧气会逐渐减少，同时温度过高会导致发酵时产生的有益菌失活，从而导致发酵缓慢甚至停止发酵。
2.中低温阶段：
经过前期的腐熟，下一部就是分解：主要是将粪便以及秸秆中的高分子有机质，分解为小分子物质。这样才有利于土壤的吸收和利用，更有利缩短施肥的肥效释放时间。此阶段需要7~10天左右的时间，发酵温度基本在30~45℃，所以又成为中低温阶段。
需注意的是：
此阶段不可省略，因为后期将小分子分解出来，才会不再臭味复发；同时，有机肥施肥效果缓慢，高分子的有机质会增加土壤的分解能力，无法及时的缓解土壤板结、盐渍化等问题严重的地区。
每年我国生产大量的畜禽粪便，但是因为环保意识不到位，38亿吨左右的粪便，有一半以上的粪便污水以及生活污水，直接排到了田间、河水中，不仅污染当地气候环境，还影响人们的日常生活。再加上每年的秸秆产生量能达到9亿多吨，而利用率也不到五成左右，每年秸秆焚烧屡禁不止，对环境也是一种污染。
这些粪便和秸秆资源，对于环境是一种污染，对于农业生产却是宝贵的有机肥肥料来源。近两年来，政府也相继出台了各种有关于养殖厂禽畜粪便无害化处理的规范标准，对于符合标准的有机肥生产设备可申请补贴。
